地方上，督抚同城却互不隶属，往往明争暗斗，为有志之士诟病己久。因此，肃顺建议，凡是督抚同城，只保留总督，裁撤巡抚。

除中华帝国占有的南方各省外，满清治下尚有四川、湖北、云南、甘肃四省督抚同城。尤其是四川，既有巡抚，又有总督，而四川总督仅辖四川一省，与巡抚完全重合。

此番改革后，将裁撤四川巡抚、湖北巡抚、云南巡抚、甘肃巡抚四个大员。巡抚衙门下属的官僚，也将全部裁撤。

这是一番非常大的变动，咸丰颇有忧虑，问肃顺道：“一下子裁撤四个封疆大吏，会不会影响人心士气？”

肃顺非常坦率地回答道：“短时间内会有，但从长远看，这是一件利国利民的好事。奴才建议在边疆设置行省，安置这些被裁的官吏。

“具体来说，就是在西北、蒙古、青海、东北设置行省。西北设置一巡抚，青海设置一巡抚，蒙古设置一总督，东北设置一总督、两巡抚。”

在边疆地区设置行省，徐继畬的奏折里己有提及，百官亦多响应。咸丰也很动心，和肃顺一起走到一幅巨幅地图前，详细研究起设置边疆行省问题。

清代对边疆的控制颇为有力，尤其是蒙古、新疆、西藏，历来不服中原王朝的统治，却在清朝投入了中原王朝的怀抱。

境随时迁，随着西方列强的渗透、南方菁华地区的沦陷，满清必须加强对边疆的控制。最有效的措施，莫过于在边疆设置行省，实行与内地相同的府、厅、州、县体制。

新疆原本分为两部，即天山北路的准部、天山南路的回部，由伊犁将军统带。其中，蒙古游牧地区实行盟旗制；维吾尔、布鲁特、塔吉克等族实行伯克制（类似于西南地区的土司制度）。

在这种管理制度下，新疆军政不分，回部各族不断反叛，而俄国、英国、浩罕国又不断渗透新疆。时至今日，伊犁将军只管军政不理民事的军府制，己经行不通了。

咸丰君臣一致决定设立新疆省，省会为乌鲁木齐，设巡抚一员，受陕甘总督节制。伊犁仍设将军，统管伊犁、塔城两处边防，不再总统全疆军务；塔城增设副都统一员，主司塔城边防。

清代青海大致以黄河为界，分为青海蒙古和玉树等四十族土司。黄河以北主要为蒙古人，有和硕特、辉特、绰罗斯（准噶尔）、土尔扈特、喀尔喀五大部落。

雍正时期，编青海蒙古为二十七旗，后增至二十九旗，由西宁办事大臣主持会盟。黄河以南主要为藏人，设有