湘军投降后，武昌之战告一段落。复兴军大获全胜，顺利实现二次西征“三步走”第一个目标：歼灭湘军主力。

与此同时，北路军也在江北取得重大胜利。李秀成在麻城追上湘军大佬胡林翼，击败胡林翼的两千孤军。

胡林翼本就体弱多病，连日作战之后创伤发作，不治而亡，剩余湘军溃散。

湘军普承尧部亦在汉口被重重包围，突围失败，被迫投降。

形势对复兴军十分有利。

兵贵神速，吴捷向复兴军发出动员令，要求部队充分发扬英勇顽强、连续作战的优良作风，迅速深入两湖，彻底击败清军残余，实现二次西征的第二个目标：军事占领两湖。

紧随其后，吴捷指示司令部，向各路兵马发出作战命令，具体部署作战事宜：

一、关于部队出发时间。

自接到动员令起，复兴军各部可有三天时间休整，主要用来总结经验，整理军械，鼓舞士气，赏功罚过。

三天之后，部队必须拔营西进。北路军负责攻占湖北全境，南路军负责攻占湖南全境，中路军负责以水师支援南、北两路兵马。

二、关于兵力调整。

北路军方面，需面对的清军有荆州八旗、湖北绿营。加之湖北腹地较广，北接陕西、河南、西接四川，为天下中枢，军事价值高于湖南。

但北路军实力偏弱，为彻底占领湖北，为北路军增加兵力。其中，太平军韦俊部全部渡江至江北，归北路军指挥。第二师一团、二团渡江，由副师长王铮率领，归入北路军序列。

经过武昌之战，韦俊尚有太平军近三万人。吴捷令韦俊将三万人缩编成一万人，其余人马尽行迁往湖北黄石，参与开发黄石铁矿。

这已是格外开恩。当初罗大纲整编属下太平军，也不过才保留了七八千人。因韦俊让出了武汉三镇，又是用人之际，故吴捷允许他保留一万人马。

北路军仍以第五师师长罗大纲为统领，复兴委员于中川辅之。为提高罗大纲的威望，便于罗大纲协调友军，吴捷升罗大纲为左七军副军长，兼任第五师师长。

南路军方面，以第二师、第四师为主力，辅之以太平军陈玉成、杨辅清、黄文金三部，兵马略有减少。

南路军之前要打击湘军主力，实力较为雄厚。湖南军事价值不如湖北高，而当面之敌主要是刘松山的一万湘军，故抽调了兵力补充北路军。

南路军统领仍为左七军军长冯桂芳。