复兴会绝对掌握军权。军权不归个人，归于复兴会。为确保复兴会绝对控制军队，要在军队各级建立复兴会支部，支部要建至基层连一级，要建立军事主官、复兴委员双首长制。这是此次军制改革的核心要点，要与改组复兴会同步实施。

第二，改行新编制。废除原太平军编制，改行新编制，使用军、师、团、营、连、排、班七级编制。原则上使用三三制，一支部队下辖三个分队。

一军辖三师，一师辖三团，一团辖三营，一营辖三连。

连是部队的基层单位，是军队建设的关键，复兴会支部要建在连一级。一连下辖三排，每排下辖三班。一班十人，一连可达一百人。

团为基本作战单位，可以单独到一地执行任务。一团辖三个主力营，另外配属侦察连、骑兵连、通信连、炮兵连、工兵连、特务连等直属部队。

师为战役级单位，可以单独组织一场战役，享有相当大的独立指挥权。

第三，完善指挥系统。团以上设置指挥机关，分为参谋部、政工部、保障部，直接为军政首长服务。

参谋部负责作战指挥，下辖侦察科、作战科、通信机要科、军务科等，首长称参谋长。

政工部主抓复兴会支部建设，下辖组织科、宣传科、干部科、教育科、纪检科等，首长称主任。

保障部负责后勤装备保障，下辖后勤科、军械科等，首长称部长。

第四，陆军、水师分立。陆军番号为左七军、水师番号为右二军，对外仍称太平军左七军、右二军。

左七军、右二军受复兴会总部直接领导。

左七军辖三个主力步兵师，另有炮兵团、骑兵团、工兵团、侦察营、特务营、通信营等直属部队。

冯桂芳任军长，邹世安任复兴委员，参谋长为卢波克。一师师长为徐琛，二师师长为倪云鹏，三师师长为雷振邦，各自兼任复兴委员。

倪云鹏是九江本地人，之前任左七军斥候总管，此次吴捷特别把他超拔为师长，成为一方大员。

水师这边，右二军军长为史潘西，复兴委员为张允华，参谋长为崔克。崔克为米国人，海军军官出身，与史潘西相熟，四十岁，参加过欧洲海战。

右二军下辖三师，一师以崔克兼任师长，主水战。二师以杨易峰为师长，主登陆作战。三师以晏仲武为师长，主船运。

晏仲武船民出身，在湖南岳州加入了左七军。

右二军另有九江码头、修船厂、姑塘造