藏家——吉尔露太抓上了飞船。

随着海流漂来的火箭队三人组，目睹了全过程。

而经过一连串事件，小智一行人成功逃离飞船，并将火焰鸟和闪电鸟放了出来。

火焰鸟与闪电鸟和赶来的急冻鸟混战在一起，三只神鸟大战，导致了世界生态的平衡遭到破坏，极端天气——暴雪、强风等出现在关都各地。

海之神洛奇亚前来阻止三只神鸟的破坏，但它似乎并没有使出全力，所以，它被三只神鸟打得节节败退。

为了平息三圣鸟的怒气，海之神洛奇亚协助小智前去收集最后的冰冻之石，而一直吃瓜的火箭队三人组，因为三只神鸟的大战，而不得不现身，在思考了一番之后，他们选择了帮助小智获得急冻鸟的宝藏。

小智等人为了获得三个宝藏，平息三圣鸟的怒火，踏上了艰难重重的路途。

而在亚西亚岛临近的深海之中，由于海流过于混乱，将海底一座死火山推倒，下方露出了一个漆黑的洞口，一道道黑气自其中溢出，融入海流之中……